Историческая коллекция Музея содержит в себе: шифровальную технику, средства передачи информации, архивные документы, редкие книги и фотографии, интерактивные и кинетические инсталляции и игры. Для посетителей в Музее подготовлена интересная программа: гости будут разгадывать криптографические загадки, а также обнаруживать взаимосвязь криптографии и важных исторических событий.
В Музее обширный архив исторических документов и коллекция предметов, аналогов которой не представлено в России в открытом доступе. В коллекции: «Словарь для шифрованной корреспонденции», выпущенный в 1916 году Канцелярией Министерства торговли и промышленности для переписки между различными чинами в режиме секретности военного времени, советский портативный шифратор МК-85С, применявшийся в различных сферах, например Центральным Банком, шифровальный диск американского корпуса связи и многое другое.
- В здании, в котором расположен Музей в советские годы была знаменитая «шарашка» в Марфино, где ученые разрабатывали аппаратуру для шифрования телефонной связи.
